have second thoughts

これは、動画をみてもちょっと分かりにくかったのですが、thoughtだから「考える」とか、「考え、思考」的なところからイメージしてしまいました。

you have a second thoughts! n～～～～o! don't do it.

を聞いて、「やめとけば良かった」みたいに、感じとったのですが、意味は

【考え直す・再考する・二の足を踏む】

ということらしいです。

having second thoughts

で、考え直しているということになりますね。

例文によっては、haveがないものも、同じ意味で訳されています。